[Reddes.bvs-tech] LIS v2.6

Tue Feb 28 13:01:26 BRST 2012

Hola Asael,

¿Qué tal todo?, esperamos que bien. Te escribimos porque no hemos vuelto a tener noticias vuestras referente a LIS, ¿cómo va el tema?, ¿tiene solución J?.

Gracias y un abrazo,

Belén y Virginia

De: Cristina Gutiérrez Martín [mailto:cgutierrez at isciii.es] 
Enviado el: viernes, 17 de febrero de 2012 12:01
Para: 'Asael C. da Silva (BIR)'; 'Virginia Jimenez'
CC: 'Belen Jaen Casquero'; 'BVS: BVSTECHS lista'; 'reddes bvs-tech'
Asunto: RE: LIS v2.6

Hola Asael,

He dejado en el servidor ftp://ftp.scielo.br la información que nos pides en el directorio LIS-LISIC.

Respecto a un email donde sugieres que instalemos las versiones de 64bits de mx, wxis, etc… no he hecho nada.  

Te cuento un poco la situación a día de hoy: LIS y LISIC están instalados y pasada la información de la versión anterior (directorio bases y ficheros defineContent*.xml). 

·         En la parte pública podemos navegar, pero en algunos enlaces nos aparece el número de resultados obtenidos, pero no muestra el listado de resultados. (por ejemplo: en LIS en Especialidades Médicas > Anestesiología y Reanimación, también en Ministerio de Sanidad y Política Social)

·         En la parta privada, la navegación es muy complicada, puesto que sale muy frecuentemente los errores reportados por Belén y Virginia. Por ejemplo: cuando están en la búsqueda de registros y pretendes ir al menú de nuevo, muestra un error. Los tipos de LIS disponibles no aparecen todos, aunque los registros sí que están. En algunas búsquedas aparece como título una secuencia de palabras ilegibles (ejemplo: nescionescionescionesciones). 

Desde el punto de vista informático, nos exigen tener documentado todos los pasos que hemos hecho para poner en funcionamiento la aplicación. Así que te rogaría, que si modificas algún fichero, instalas algo nuevo, o cualquier modificación importante, nos lo comuniques para tenerlo anotado aquí en España.

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva at bireme.org] 
Enviado el: jueves, 16 de febrero de 2012 15:08
Para: Virginia Jimenez
CC: Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista; Cristina Gutiérrez Martín
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimadas Virginia y Belén

A nosotros nos parece que en el item 1 hay problemas con permisos de escritura y/o lectura de archivos y bases de datos. También hay problemas con formato de presentación (archivos .pft) que no se queda claro.

El item 2 es algo que nosotros no entendemos bien lo que pasa y por eso les pido empaquetar la instalación completa de LIS y LISIC en un archivo .tar.gz o .zip y dejar en un servidor de Uds para que podamos bajar por ftp o http y con indicaciones de rutas, paquetes de apache y php instalados y version del SO Linux utilizados. Eso creo que Cristina puede hacer porque es del area de informaticos.

Intentaremos reproducir el ambiente acá porque es muy dificil probar cambiando código en remoto sin acceso visual para mirar los mensajes y errores.

Un abrazo fuerte

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Virginia Jimenez" <virginiaj at isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva at bireme.org>, "Cristina Gutiérrez Martín" <cgutierrez at isciii.es>
Cc: "Belen Jaen Casquero" <bjaen at isciii.es>, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support at listas.bireme.br>
Sent: Thursday, 16 February, 2012 9:50:26 AM
Subject: RE: LIS v2.6

Estimado Asael,

Por fin ya tenemos instalada la versión 2.6, estamos haciendo pruebas en el módulo de administración de LIS y LISIC y nos estamos encontrando con varios problemas que no nos permiten continuar.

1.       Errores: continuamente al añadir registros, modificar usuarios, editar la configuración… salen estos dos errores:

        WXIS|execution error|format  <mailto:syntax|@STOP_ERROR.PFT> syntax|@STOP_ERROR.PFT fi| 

        WXIS|fatal error|unavoidable|recread/xropn/w|

2.       Configuración tipo de LIS y LISIC: los tipos de LIS aparecen y desaparecen aleatoriamente como “por arte de magia”, cada vez que entramos con una nueva sesión aparecen unos tipos y desaparecen otros, además desaparecen las imágenes de la página de administración y cambia los colores del fondo sin que estemos haciendo modificaciones.

No hemos hecho ningún tipo de personalización en la 2.6 ni vamos a hacerla para que quede como el paquete original, sólo haremos cambios institucionales: banner, logo, etc.

¿Nos puedes echar una mano?, no nos atrevemos a seguir modificando y configurando porque está haciendo cambios “raros”.

Muchas gracias. Un abrazo,

Belén y Virginia

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva at bireme.org] 
Enviado el: miércoles, 21 de diciembre de 2011 18:53
Para: Cristina Gutiérrez Martín
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

acerca de su configuración de Virtual Host, le sugerimos hacer los seguientes cambios:

   <Directory "/var/www/lis/htdocs">

       AllowOverride All

       Options FollowSymLinks MultiViews

        Order allow,deny

        Allow from all

                addDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

    ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/lis/cgi-bin/"

    <Directory "/var/www/lis/cgi-bin">

        AllowOverride None

        Options FollowSymLinks ExecCGI

        Order allow,deny

        Allow from all

                AddDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

Es necesario empezar nuevamente el servidor Apache despues de grabar los cambios.

Después de reempezar el servidor web por favor haga una nueva prueba con la URL:

http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe?hello 

Avisanos si todavia tiene problemas con el CGI después de los cambios.

Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina Gutiérrez Martín" <cgutierrez at isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva at bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj at isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen at isciii.es>, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support at listas.bireme.br>
Sent: Wednesday, 21 December, 2011 2:21:15 PM
Subject: RE: LIS v2.6

El directorio cgi-bin de lis está con permisos de lectura y ejecución

<VirtualHost *:80>

    ServerAdmin sistemas at isciii.es

    DocumentRoot /var/www/lis/htdocs

    ServerName lispre2.isciiides.es

    ErrorLog /var/log/httpd/lis_error.log

    CustomLog /var/log/httpd/lis_access.log combined

    <Directory "/var/www/lis/htdocs">

                Options +Indexes FollowSymLinks

        AllowOverride None

        Options FollowSymLinks MultiViews

        Order allow,deny

        Allow from all

                addDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

    ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/lis/cgi-bin/"

    <Directory "/var/www/lis/cgi-bin">

        AllowOverride None

                Options None

        Order allow,deny

        Allow from all

                AddDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

</VirtualHost>

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva at bireme.org] 
Enviado el: miércoles, 21 de diciembre de 2011 17:14
Para: Cristina Gutiérrez Martín
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Por favor, enviame la parte del Virtual Host definido en el httpd-vhosts.conf de la instáncia para que yo pueda comprobar si está configurado con permiso al cgi-bin.

Le pido para mirar también si el directorio cgi-bin y los ficheiros y subdirectorios abajo tienen permisos de lectura y ejecución.

ej.: para archivo -rwxr-xr-x y para directorio drwxrwxr-x
Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina Gutiérrez Martín" <cgutierrez at isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva at bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj at isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen at isciii.es>, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support at listas.bireme.br>
Sent: Wednesday, 21 December, 2011 1:45:11 PM
Subject: RE: LIS v2.6

La url que me indicas  me dice You don't have permission to access /cgi-bin/wxis.exe on this server.

En el fichero de log de apache, me indica esto: Symbolic link not allowed or link target not accessible: /var/www/lis/cgi-bin/wxis.exe 

Como puedo verificar si el CGI del Apache está habilitado?

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva at bireme.org] 
Enviado el: miércoles, 21 de diciembre de 2011 16:23
Para: Cristina Gutiérrez Martín
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Por favor, haga una prueba para nosotros. En el navegador de internet acceda esta URL:

http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe?hello

Envianos un printscreen de la pantalla de resultado.

Mientras tanto, verifique si el CGI del Apache está habilitado para ejecutar archivos ejecutables y si en cgi-bin el wxis.exe está con permiso de ejecución.

Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina Gutiérrez Martín" <cgutierrez at isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva at bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj at isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen at isciii.es>
Sent: Wednesday, 21 December, 2011 10:36:21 AM
Subject: RE: LIS v2.6

Estimado Asael,

Tras unos días, hemos vuelto a retomar la instalación de LIS España. Ya disponemos de la versión PHP 5.3.X.

Y seguimos con los mismo problemas.

Hemos descargado el código fuente (sin pasar ningún dato del servidor antiguo) y la aplicación da error al pasar de cualquier de estas dos páginas.

Los ficheros defineContent.xml y define.xml están bajo el directorio /bases/lis/xml/E.

Cuando intentamos ir a la página de entrada de datos (http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe/lis/?IsisScript=lis/lis.xis <http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe/lis/?IsisScript=lis/lis.xis&languageCode=E&title=Localizador+de+Informaci%F3n+en+Salud&Button%5ebentry=Enter> &languageCode=E&title=Localizador+de+Informaci%F3n+en+Salud&Button^bentry=Enter)  nos indica You don't have permission to access /cgi-bin/wxis.exe/lis/ on this server. Y los permisos está igual que en el servidor antiguo.

Cuando intentamos ir a la página de LIS-Regional  (http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml[]=@/E/define.xml <http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml%5b%5d=@/E/define.xml&xml%5b%5d=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl> &xml[]=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl) , nos muestra la página en blanco.

Hemos seguido el manual de Requisitos y el de instalación, pero no conseguimos avanzar, nos podéis ayudar o guiar?

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva at bireme.org] 
Enviado el: viernes, 02 de diciembre de 2011 21:06
Para: Cristina Gutiérrez Martín
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; eprimo at isciii.es; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Acerca de su mensaje anterior, tenemos que comentarle que:

1. la diferencia entre la versión 2.4a y la 2.6 es que en la última, los archivos .xml que necesitaban ser escribidos por la interfaz de administración del aplicativo ahora lo hacen bajo bases. Por este motivo, no es solamente copiar el directorio bases/lis del sitio antíguo y soscrever todo, pero una mescla manteniendo los archivos nuevos.

2. Despues hay un modo para copiarse los datos desde la versión antigua a la nueva, pero a Uds no debe funcionar porque desde la version primera (2.3) instalada el 2003, se han customizados campos y estruturas que tornan diferente los 2 paquetes de LIS de Uds de toda la red de centros colaboradores.

3. El problema con la resolución de la URL es debido la falta de los archivos XML que Ud ha mencionado, pero creo que ponerlos en el directorio correcto no se va arreglar el problema porque, como escribi arriba, hubieron cambios en la estructura del XML para idiomas locales y otros campos que no están contemplados en el paquete estándar.

Acerca de la versión de PHP necesaria para instalarse LIS 2.6 les confirmamos que es 5.3.x como explicado en el Manual de Pre-requisitos (página 26) y el Readme de página en inglés (el Leame todavia no existe).

Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina Gutiérrez Martín" <cgutierrez at isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva at bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj at isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen at isciii.es>, eprimo at isciii.es, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support at listas.bireme.br>
Sent: Friday, 2 December, 2011 10:21:47 AM
Subject: RE: LIS v2.6

Estimado Asael,

Paco ya no trabaja en el Instituto de Salud Carlos III.

Respecto a tus comentarios, decirte que desde que yo llevo aquí (2 años) no se ha modificado nada en las aplicaciones LIS y LISIC, se han mantenido tal cual como el equipo BIREME las dejó por mayo del 2009.

Los documentos que indicas de requisitos e instalación ya los leímos antes de empezar la instalación. Tienes que tener en cuenta que estamos haciendo una instalación desde cero, puesto que es un servidor nuevo.

Hemos comparado el paquete LIS de la versión 2.6 con la instalación que tenemos de LIS v2.4, y hemos encontrado muchas diferencias.

1.       Hemos copiado el directorio bases de LIS2.4 a bases de LIS2.6, puesto que queremos conservar los datos que ya teníamos

2.       En LIS2.4 en la ruta /var/www/lis/htdocs/lis-Regional/E hay ficheros defineContent.xml y define.xml que en la versión LIS2.6 no existen. En la ruta de acceso a la interfaz busca esos ficheros, por tanto los hemos puesto en esa ruta en el nuevo servidor pero no funciona.

Estas cosas no están en ningún manual de ningún idioma.

Y en el fichero lis/lis.def sólo hemos adaptado los PATH.

Cómo ves no hemos avanzado nada con respecto al otro día.

Muchas gracias por tu paciencia, probaremos con la lista reddes.bvs-tech at listas.bireme.br, puesto que hemos visto que hay otros países que ya tienen la versión 2.6 funcionando, como es el caso de  Uruguay (http://www.bvspsi.org.uy/lis-Regional)

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva at bireme.org] 
Enviado el: jueves, 01 de diciembre de 2011 21:11
Para: Cristina Gutiérrez Martín
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; eprimo at isciii.es; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Voy a contestar abajo de cada párrafo para dejar más claro en color azul.

Un abrazo fuerte a Virginia, Belén, Elena, Angélica, las dos Cristinas y Paco. 

Saludos cordiales

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina Gutiérrez Martín" <cgutierrez at isciii.es>
To: "Asael Costa da Silva" <asael.silva at bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj at isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen at isciii.es>, eprimo at isciii.es
Sent: Wednesday, 30 November, 2011 7:21:07 AM
Subject: LIS v2.6

Buenos días, 

Desde España estamos haciendo una instalación de la última versión de LIS (versión 2.6) disponible, y tenemos bastantes problemas para poder iniciar:

·         Primeramente cual es el usuario para poder acceder a la parte de administración? Nuestro LIS es propio de España, y en ningún sitio se indica que exista dicho usuario.

Mientras que la información no estée en el manual, desde la primera versión los perfiles son fijos:

Administrador:

- Nombre: adm

- Contraseña: adm

Editor:

- Nombre: edi

- Contraseña: edi

Documentalista:

- Nombre: doc

- Contraseña: doc

·         Cuál tiene que ser la dirección de acceso?:

o   En nuestro caso la url es  <http://lispre2.isciiides.es> http://lispre2.isciiides.es (una red interna no tendréis acceso), y a través de esa url no se accede a nada. Tenemos que poner  <http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/index.php> http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/index.php para poder ver algo en el navegador o  <http://lispre2.isciiides.es/lis/> http://lispre2.isciiides.es/lis/ para ver la parte de administración.

Desde la versión 2.4 (la antígua que Uds utilizan), siempre se accede el aplicativo LIS en dos modos:

- la parte pública: http://mi-dominio/lis-Regional/

- la parte administrativa: http://mi-dominio/lis/

·         Desde la página de lis-Regional la url que forma, no accede a nada: http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml[]=@/E/define.xml <http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml%5b%5d=@/E/define.xml&xml%5b%5d=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl> &xml[]=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl

o   Primeramente los ficheros lis-Regional/E/defineContent.xml y lis-Regional/E/define.xml no existen ni en E, ni I ni P. Tenemos que crearlos vacíos, copiarlos de la versión anterior, etc..? esta información no se ve reflejada en la documentación aportada.

A través de la información que escribieron, piensamos que Uds han hecho cambios que no deberían ser hechos.

Los pasos deberian ser:

1. Acceder la página de LIS actualizada con la versión 2.6 (  <http://bvsmodelo.bvsalud.org/php/level.php?lang=es&component=27&item=4> http://bvsmodelo.bvsalud.org/php/level.php?lang=es&component=27&item=4 ) y leer el documento Manual de instalación de software prerequerido para los aplicativos de la BVS ( http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/prereq/PreReq-Manual-es.pdf )

2. Leer al mismo tiempo el documento Installation Readme (de la versión en inglés, porque en español todavia no hay) a través de la URL  <http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/lis/2.6/INSTALL-EN.TXT> http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/lis/2.6/INSTALL-EN.TXT

3. Tener el aplicativo LIS despaquetado y configurado en acuerdo con el item 2.

4. Hacer prueba de la aplicación con los datos originales del paquete (es decir, sin las customizaciones hechas anteriormente que no son normalizadas).

·         Por nuestra cuenta hemos adaptado el fichero /htdocs/lis/lis.def, pero hay que modificar o crear ficheros adicionales?

La única cosa que se debe cambiar en lis.def son los camiños (path) para los directorios y archivos de su instalación. No se debe añadir o sacar ninguna instrucción acá.

·         Es necesario que sea la versión de PHP 5.3.X? no valdría con PHP 5.1.X?

La versión 2.6 fue pruebada con el PHP 5.3. No la probamos con versiónes anteriores.

·         En el fichero de log obtenemos el siguiente mensaje

[Wed Nov 30 10:14:42 2011] [error] [client 10.15.50.5] PHP Warning:  Call-time pass-by-reference has been deprecated - argument passed by value;  If you would like to pass it by reference, modify the declaration of fsockopen().  If you would like to enable call-time pass-by-reference, you can set allow_call_time_pass_reference to true in your INI file.  However, future versions may not support this any longer.  in /var/www/lis/htdocs/lis-Regional/xmlListT.php on line 190, referer: http://lispre2.isciiides.es/

                Esto puede ser por la versión de PHP?

Nos parece que la configuración que Uds tienen de PHP está generando una salida del tipo Warning que no es necesaria.

El mejor es configurar como:

error_reporting = E_COMPILE_ERROR|E_RECOVERABLE_ERROR|E_ERROR|E_CORE_ERROR

Nos gustaría que esta documentación estuviese reflejada en la documentación, ya que el documento de instalación es demasiado simple y no aporta nada.

Estamos enviando sus comentarios para el equipo de desarrollo del aplicativo LIS.

Un saludo

Cristina G.

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