[Reddes] [Reddes.bvs-tech] [Isis-users] Fwd: RV: Inconvenientes con Wxis.exe

Fri Oct 18 20:07:13 BRST 2013

Dear all

This mail is intended to clarify the various aspects of software interaction related to ISIS applications behaviour we have noticed over the years.

About running VHL (BVS) applications under Linux and/or Windows we have had them successfully installed in both systems with Apache 2.2 and PHP 5.3, provided that:

1. in both systems, the domain where the applications have been installed are registered on a DNS server (either via intranet or internet);

2. in Linux the system administrator must assure that all 'bases' directory have permission for scanning, travelling and full edit (write and create ISIS databases and inverted files, create and write XML files, INI files and HTML files).

Notice that XML, INI and HTML files are generated by the BVS-Site application.

3. in Linux the 'bases' directory cannot be set on a 'noexec' partition provided that permissions required by 'bases' are not compatible with the partition properties;

4. in Linux the SELinux service must be disabled or rules must be create as exception for the execution of CISIS and WWWISIS applications;

5. in Windows the WWWISIS application that runs in CGI mode can only execute if 'cgi-bin' is set with ScriptAlias in Virtual Directory such as:

   ScriptAlias /cgi-bin/ /var/cgi-bin/
   <Directory "/var/cgi-bin">
           Options +ExecCGI FollowSymLinks
           AllowOverride None
           Order deny,allow
   </Directory>

6. in Windows the specific user for the web must have its rights granted to read/write/execute/travel in 'bases' directory;

7. in Windows if using IIS, the system administrator must assure that 'cgi-bin' directory is set in the IIS structure such as:

   \Inetpub\wwwroot\
   \Inetpub\cgi-bin\
   \Inetpub\bases\

8. in Windows if using IIS, cgi-bin must be set to allow execution of scritps and executables;

9. in both systems the firewall and the proxy server must be set in order to allow inbound/outbound flow for execution of metaIAH search engine as well as correct assignment of that VHL instance domain name;

Some information on IIS and ISIS are also available at http://trac.reddes.bvsalud.org/projects/abcd/attachment/wiki/Installation/IIS_6_Windows_2003_EN.pdf.

For the specific versions of software cited above, please read the chapter 'Configuration of Apache 2.2.xx, PHP 5.3.x in Linux environments' from the 'Installation manual of pre-required software to VHL applications' available at http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/prereq/PreReq-Manual-en.pdf.

Hope this helps.

Best always

Asael Costa Silva

System Analyst

MTI/RST

BIREME/PAHO/WHO

________________________________
From: reddes.bvs-tech-bounces at listas.bireme.br [reddes.bvs-tech-bounces at listas.bireme.br] on behalf of Guilda Ascencio [guildaa at gmail.com]
Sent: Wednesday, October 16, 2013 18:24
To: spinaker
Cc: reddes.bvs-tech at listas.bireme.br; De Smet Egbert; Lista Isis
Subject: Re: [Reddes.bvs-tech] [Isis-users] Fwd: RV: Inconvenientes con Wxis.exe

Estimados amigos.

La plataforma donde se produce el problema con el wxis.exe es Windows server 2003 con Internet Information Server 6. Además el problema se presenta cuando le están dando la inducción a los nuevos estudiantes de la universidad en el uso del motor de búsqueda ya que hay 30 personas accediendo en forma simultánea y le dan a la tecla buscar "alocadamente".

Lo que voy a hacer por ahora es colocar una animación que indique que se está buscando información e inhibir la tecla buscar con un javascript una vez que se haga clic sobre ella.

Saludos,

Guilda

2013/10/16 spinaker <spinaker at adinet.com.uy<mailto:spinaker at adinet.com.uy>>
Egbert

I am using windows and Linux versions, in about a dozen of different installations
and this problem is tipically of Apache with Windows (no server)

Ernesto

El 16/10/2013 13:34, De Smet Egbert escribió:
Hi all,

I really think this is 1) a serious problem to be investigated into 2) but mainly to be answered by the experts from BIREME and SciELO, as they are both running servers with high users-load and using in fact exactly the same 'wxis'-based mechanism since ABCD and BVS/SciELO etc. are using very much the same technology.
They are using Linux-based servers with Apache, but if we would know by their confirmation that such problems don't occur in their servers, then we can conclude that the problem is with specific combinations of Operating Systems with web-servers (i.e. Apache or IIS).
So I am also copying in the colleagues from the BVS-list, hoping to get some confirmation from their side too.

Egbert de Smet
Universiteit Antwerpen
________________________________________
From: isis-users-bounces at iccisis.org<mailto:isis-users-bounces at iccisis.org> [isis-users-bounces at iccisis.org<mailto:isis-users-bounces at iccisis.org>] on behalf of Ernesto Spinak [spinaker at adinet.com.uy<mailto:spinaker at adinet.com.uy>]
Sent: Wednesday, October 16, 2013 12:50 PM
To: guildaa at gmail.com<mailto:guildaa at gmail.com>; Lista Isis
Subject: Re: [Isis-users] Fwd: RV: Inconvenientes con Wxis.exe

Estimados

Seria importante que se indicara como es la instalacion,
obviamente es Windows, pero es importante saber si es XP, Win 7, Server 2003 o 2008
por otra parte la versión de Apache que se usa  2.0  2.2  etc

Lo que se ve en la imagen del Task Manager es que han quedado como 100 procesos zombies del wxis lo que finalmente agotó la CPU y el sistema debe bajarse-
Esto sucede cuando una transaccion (busqueda, ingeso de datos, etc) se interrumpe abruptamente, por ejemplo se "mata" la ventana al no obtener respuesta el usuario, o se  hace una consulta que "atora" al servidor,
por ejemplo ponen   agric$ * educ$ * comunic$
en una base con muchos miles de postings puede dejar colgado el proceso, en una especie de "Denial of Service"

Si la transaccion no termina en la forma normal, queda un wxis muerto en la cpu sin hacer nada.
Esto es frecuente con XP con Apache

Otro tema no documentado, pero que hay que saber, es todas las transacciones del wxis generan archivos temporales que se almacenan en la direccion asignada en el servidor, que se puede conocer con las variables de enviroment. Esos archivos temporales deberian limpiarse periodicamente.
Tuvimos un caso reciente en una instutcion que dispone de miles de textos completso en PDF, que el sistema dejó de responder, y encontramos que en el directorio temporario habían 64.000 datos auxiliares de descargas de PDF, lo que habia dejado al disco sin espacio operativo.-

saludos
Ernesto Spinak

----Original Message-->De: guildaa at gmail.com<mailto:guildaa at gmail.com>
Fecha: 14/10/2013 11:19
Para: "Lista Isis"
Asunto: [Isis-users] Fwd: RV: Inconvenientes con Wxis.exe

Estimados amigos.

Me llegó un correo de un usuario al cual se le está presentando la
siguiente situación:

"Tengo un inconveniente con el proceso wxis.exe en el servidor.****

Este proceso se queda como colgado o en memoria en el servidor y no
termina, si varios usuario hacen peticiones al servidor (búsquedas en el
catálogo) se genera un proceso por cada petición y si un proceso de esto no
termina se va generando una cola y ralentiza el equipo (Consume memoria
Ram) hasta llegar a la caída del servidor ya en varias oportunidades he
tenido que reiniciar el IIS 6.****

** **

He realizado las listas invertidas de todas las bases de datos también las
reorganice pero aun continua el problema. ****

** **

En las imágenes anexas podrás ver que hay aproximadamente como 100 procesos
wxis.exe que nunca terminaron y el error que genera." ****

Pudiera alguien darme una solución a lo que está pasando?.

Gracias,

Guilda

** **

--
  .^.                                .^.
  ( )                                ( )
  ===                                ===
 =[=]================================[=]=
  | |  Ernesto Spinak                | |
  | |  spinaker at adinet.com.uy<mailto:spinaker at adinet.com.uy>        | |
  | |  Montevideo, Uruguay           | |
  | |  tel/fax  (598) 2622-3352      | |
  | |  celular  (598) 99612238      | |
 =[=]================================[=]=
  ===                                ===
  ( )                                ( )
   V                                  V

IMPORTANT: This transmission is for use by the intended
recipient and it may contain privileged, proprietary or
confidential information. If you are not the intended
recipient or a person responsible for delivering this
transmission to the intended recipient, you may not
disclose, copy or distribute this transmission or take
any action in reliance on it. If you received this transmission
in error, please dispose of and delete this transmission. 

Thank you.

-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: http://listas.bireme.br/pipermail/reddes/attachments/20131018/7e9d337f/attachment-0001.html 
-------------- next part --------------
_______________________________________________
Reddes.bvs-tech mailing list
Reddes.bvs-tech at listas.bireme.br
http://listas.bireme.br/mailman/listinfo/reddes.bvs-tech